Konya'nın Cihanbeyli İlçesi Yeniceoba Beldesinde 1944'te dünyaya gelen Toktamış Ateş, orta öğrenimini Sankt Georg Lisesi Ortaokulu'nda, lise eğitimini ise Vefa Lisesi'nde yaptı.
Ateş, 1967'de İÜ İktisat Bölümü'nden mezun olduktan sonra Siyasal Bilimler Kürsüsü'nde asistan olarak kaldı. Ateş, 1969'da ''Kuruluş Dönemi Osmanlı Toplumunun Siyasal Yapısı'' başlıklı çalışmasıyla doktor, 1974'de ''Demokrasi Teorisi'' başlıklı çalışmasıyla doçent, 1982'de de profesör oldu.
Akademisyen ve gazeteci Toktamış Ateş, İstanbul Üniversitesi'nin yanı sıra, değişik kurumlarda ders verdi. Yine ders vermek için, çeşitli dönemlerde ABD (Iowa) ile Almanya'da (Berlin ve Münih) bulundu.
İstanbul Üniversitesi'nin İktisat Fakültesi Siyaset Bilimi ve Uluslararası İlişkiler Bölümü başkanlığının yanı sıra, kurucuları arasında yer aldığı Bilgi Üniversitesi'nde Yönetim Kurulu üyesiydi.
Yayınladığı kitap sayısı 30'u geçen Ateş, 10 yılı aşkın bir süre boyunca Cumhuriyet gazetesinde yazdı. Son olarak Bugün gazetesinin yazarları arasında yer alan Ateş, Zirve Üniversitesi Mütevelli Heyeti üyesiydi.
Toktamış Ateş, 19 Ocak 2013 tarihinde tedavi gördüğü Çapa Tıp Fakültesi Hastanesi'nde vefat etti ve cenazesi Fatih Camii'nden kaldırılarak Merkezefendi Mezarlığı'na defnedildi.